A mediados del siglo XVI, el avance español en América se desarrollaba sin apenas interferencias de otros países europeos. Solamente los corsarios franceses (Francia y España estaban en guerra) acechaban el tráfico marítimo desde 1521. En nombre del emperador Carlos V (1516-1556), el Imperio español se expandía en América. En 1550 se habían fundado ya más de 300 ciudades, muchas en pleno funcionamiento, siendo las más importantes las siguientes:
En La Española, Santo Domingo, fundada por Bartolomé Colón en 1494.
En Cuba, fundadas por Diego Velázquez: Baracoa(1511), Bayamo y Trinidad (1513), La Habana, Sancti Espiritus y Camagüey (1514) y Santiago de Cuba (1515). Fundada por García Holguín, Holguín en 1545.
En Venezuela, Cumaná fundada por Fray Pedro de Córdoba en 1515, Coro por Juan María de Ampies en 1527 y Maracaibo en 1529 por Ambrosio Alfinger.
En Panamá, Ntra Sra La Asunción de Panamá, fundada por Pedrarias en 
1519 y Nombre de Dios en 1510 por Diego de Nicuesa.
En México, fundadas por Hernán Cortés: Veracruz(1519), Tlaxcala (1520) y Ciudad de México (1521). Fundada por Diego de Mazariegos, Villa Real de Chiapa (1528), por Juan Núñez de Mercado, Oaxaca (1528), por Fray Toribio de Benavente, Puebla (1531), por Fernando de Tapia, Querétaro (1531), por Cristóbal de Oñate, Guadalajara (1532), por Pedro de Mendoza, Nueva Mechuacán (Morelia) (1541), por Fco de Montejo, Campeche (1540), por Juan de Tolosa, Zacatecas (1546) y por Antonio de Mendoza, Guanajuato (1546) y Acapulco (1550).
En Puerto Rico, San Juan fundada por Juan Ponce de León en 1521.
En Honduras, Tela (1524) fundada por Cristóbal de Olid y Trujillo (1525) por Juan de Medina. Choluteca (1536) fundada por Cristóbal de la Cueva, San Pedro (1536) por Pedro de Alvarado, Gracias (1537) por Gonzalo de Alvarado y Comayagua (1537) por Alonso de Cáceres.
En el Salvador, San Salvador fundada en 1525 por Gonzalo de Alvarado.
En Guatemala, fundadas por Pedro de Alvarado, Santiago de los Caballeros y Quetzaltenango en 1524.
En Nicaragua, fundadas por Francisco Hernández de Córdoba, León y Granada en 1524.
En Colombia, Santa Marta (1525) fundada por Rodrigo Bastidas, Cartagena de Indias (1533) por Pedro de Heredia, Cali (1536) y Popayán (1537) por Sebastián de Belalcázar, Bogotá (1538) por Gonzalo Jimenez de Quesada, Tunja (1539) por Gonzalo Suarez Rendon y Antioquía (1541) por Jorge Robledo.
En Perú, fundadas por Francisco Pizarro: San Miguel de Piura (1532), Jauja (1534), La Ciudad de Los Reyes (Lima) en 1535 y Huamanga 
(Ayacucho) en 1539. Fundada por Diego de Almagro, Trujillo (1534), por Diego Ruiz, El Callao (1537), por Alonso de Alvarado, Chachapoyas (1538), por Gómez de Alvarado, Huánuco (1539) y por Garci Manuel de Carvajal, Arequipa (1540).
En Ecuador, Esmeraldas (1526) fundada por Bartolomé Ruiz, Guayaquil (1534) y Riobamba (1534) por Diego de Almagro, Quito (1534) por Sebastián de Belalcázar y Puerto Viejo (1535) por Francisco Pacheco.
En Nicaragua, Ciudad Antigua (1536) fundada por Gil González Dávila.
En Paraguay, Asunción (1537) fundada por Juan de Salazar y Espinosa.
En Bolivia, Sucre (1538) fundada por Pedro Anzúrez y La Paz (1548) por Alonso 
de Mendoza.
En Chile, Santiago de Chile fundada por Pedro de Valdivia en 1541.
El comercio entre el nuevo continente y España estaba en pleno apogeo con intercambio de todo tipo de mercancías. Si en 1522 salieron de Sevilla 18 buques con destino América, en 1549 fueron 101 las embarcaciones que partieron. No solo en número sino en tonelaje el incremento en pocos años fue relevante.
Y ello a pesar de que el corso acechaba y obligaba al viaje con escolta o en convoyes. Así a partir de 1524, las naves salen reunidas para darse mutua protección, defendidas por 4 naos armadas, que sostiene el impuesto de avería; y por Real Cédula de 1542, «los buques procedentes del Caribe y Nueva España saldrán de allí «viniendo en flota».
La gran pesadilla de las flotas fue siempre lo imprevisible: las tempestades y los ataques corsarios. El océano Atlántico es pródigo en tempestades, especialmente en determinadas estaciones y latitudes. Incluso el pacífico viaje a Canarias afrontaba a veces enormes tormentas. Todo el golfo mexicano era peligroso y el Canal de la Bahama una verdadera pesadilla. También había grandes tormentas en las aguas próximas a las costas de Tierra firme, y más aún en las del Pacífico, con las corrientes encontradas de Humboldt y el Niño. Esta primera mitad de siglo se cobró muchas naves y vidas, que irían en aumento en un futuro, durante los siguientes 150 años de comercio español con América. Sólo el 25 a 30% de los navíos que transitaron el Océano en la época de los Habsburgos tuvo un retorno feliz.
A España llegaban el oro, la plata y los productos de origen americano como el cacao, chocolate, tomate, cochinillas, añil, palo del Brasil, tabaco, hoja de coca andina, maíz, cueros y maderas.
A América se llevaba trigo, vino, aceite, legumbres, vinagre, azúcar, olivos, naranjas, limones y uvas. Ganado, caballos, semillas, plantones y aperos en general. Manufacturas como paños, sedas, ropas, vidrios, cuchillería, herramientas, libros, etc.
La primera Universidad americana se fundó en Santo Domingo en 1538, tomando como modelo la de Alcalá de Henares, que había sido fundada por el humanista Francisco Jiménez de Cisneros en 1498. Le siguieron a ésta las de Lima y México en 1551. En 1539 se puso en marcha en la ciudad de México la primera imprenta de las Américas. También en México se estableció el Colegio de Tlatelolco, escuela para los miembros de la nobleza indígena donde se enseñaba en español, latín y griego.
Un vasto dominio de 2.500.000 Km2 y 8.000 km de longitud de norte a sur, alcanzados en pocos años. Ahora comenzaba lo mas importante, afianzar lo conquistado, gobernar, y transplantar tradiciones y cultura. Una inmensa tarea que caerá como una losa sobre Felipe II en la década siguiente.
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Fuentes consultadas:
Historia:Navegacion:Flota de Indias
http://www.banrepcultural.org/blaavirtual/historia/lucena/orgca/orgca3.htm
La América española 